超声波清洗机杀菌是通过传声介质的相互作用产生巨大的能量，在很短的时间内杀死微生物。
一般认为，超声波清洗机的杀菌效力主要来自于细胞内部的空化作用。
其杀菌效果受到多种因素的影响，包括超声波的频率、强度和照射时间，微生物的种类和数量以及媒质的性质等。
超声波清洗机电源及电热器电源必须有良好接地装置。
超声波清洗机严禁无清洗液开机，即清洗缸没有加一定数量的清洗液，不得合超声波开关。有加热设备的清洗设备严禁无液时打开加热开关。
禁止用重物(铁件)撞击清洗缸缸底，以免能量转换器晶片受损。
超声波发生器电源应单独使用一路220V/50Hz电源并配装2000W以上稳压器。
清洗缸缸底要定期冲洗，不得有过多的杂物或污垢。每次换新液时，待超声波起动后，方可洗件。
超声波清洗槽的温度应该为30~50℃。
根据不同的清洗对象正确选择清洗剂。
清洗剂一般分为水基(碱性)清洗剂、有机溶剂清洗剂和化学反应清洗剂。
通常使用最多的为水基清洗剂。根据被清洗物的污染程度和污垢性质，选用不同的清洗时间。
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